O FEDER faz parte da política de coesão da UE e visa reforçar a coesão económica, social e territorial na União Europeia, corrigindo os desequilíbrios entre as suas regiões, apoiando a recuperação económica, a criação de emprego, a competitividade, a inovação e a sustentabilidade. Cumpre as prioridades políticas da União, em especial a transição ecológica e digital.
No âmbito do FEDER, os programas Interreg apoiam a cooperação transfronteiriça (Interreg A e IPA), transnacional (Interreg B), inter-regional (Interreg C) e a respeitante às regiões ultraperiféricas (Interreg D).