En 1899 ont été trouvés sur ce site un nombre sans précédent en Europe d'os fossilisés de l’homme de Néandertal, quelque 900 restes humains de plus ou moins 80 individus ainsi que des os de divers animaux remontant à 125 000 ans av. J.-C. Des experts du monde entier ont examiné les ossements trouvés, et leur interprétation des découvertes de Krapina ont influencé différentes théories scientifiques relatives au développement de l'homme, à la genèse de notre civilisation et à la manière dont les communautés humaines en Europe ont vécu pendant le pléistocène.
À côté du site archéologique, le musée de l'homme de Néandertal de Krapina présente aujourd'hui, de manière interactive, l'origine de la vie sur Terre et l'évolution de l'humanité.