En 1899 se encontró en este asentamiento el mayor número de huesos fósiles neandertales de Europa, incluidos unos novecientos restos humanos de aproximadamente ochenta individuos, así como huesos de varios animales que se remontan al año 125 000 antes de Cristo. Expertos de todo el mundo han investigado la colección y su interpretación de los hallazgos de Krapina ha influido en distintas teorías científicas sobre la evolución humana, la génesis de nuestra civilización y sobre cómo vivían las comunidades humanas de Europa durante el pleistoceno.
Junto al sitio arqueológico, el Museo Neandertal de Krapina presenta hoy de forma interactiva el origen de la vida sobre la Tierra y la evolución del género humano.